拜等又继续深入，基本上肃清了四川一带的农民军。大西军余部在孙可望、李定国率领下退往云贵地区，继续抗清。击破大西军，鳌拜实居首功。[]

对抗多尔衮

鳌拜不仅是战场上的一员骁将，也是皇太极忠心耿耿的心腹。

崇德年（4）月初九，皇太极逝世，满洲亲贵在帝位继承上出现矛盾。皇太极长子肃亲王豪格与皇太极之弟多尔衮争立。皇太极生前统领的正黄旗与镶黄旗拥立豪格，而多尔衮自领的正白旗与镶白旗则拥立多尔衮。双方争持不下，形势极其严峻。

镶黄旗护军统领鳌拜手握重兵，成为这场皇位之争中的核心人物之一。他与两黄旗的其他大臣索尼、谭泰等人会集于豪格府邸，“共立盟誓，愿死生一处”，密谋拥立肃亲王为帝。鉴于当时紧张的局面，鳌拜等严加戒备，密令兵丁守卫门禁，以防不测。

月十四日，代善于崇政殿召集会议讨论继承人选。鳌拜于当天清晨与两黄旗大臣盟誓于大清门，坚决拥立先帝（皇太极）之子，并命两旗精锐护军全副武装环卫崇政殿，作好了不惜兵戎相见的准备。当会议之中争论不休时，鳌拜与效忠于皇太极的一批将领纷纷离座，按剑而前，齐声说道：“我们这些臣子，吃的是先帝的饭，穿的是先帝的衣，先帝对我们的养育之恩有如天高海深。如果不立先帝之子，我们宁可从死先帝于地下！”实际上是以武力威胁多尔衮不得觊觎帝位。在这种形势下，多尔衮不得不作出让步，提出拥立皇太极第九子、岁的福临继位，由自己和郑亲王济尔哈朗一同辅政。这一折衷方案最终为双方所接受。福临即位，改明年为顺治元年。

多尔衮摄政之后，党同伐异，擅权自重。他首先打击的就是他的争位对手豪格及其拥护者。鳌拜本是豪格的坚定拥护者，又不阿附多尔衮，也遭到残酷打击。在多尔衮摄政期间，鳌拜受到的大迫害主要有三次。

第一次发生在顺治初年。顺治元年，鳌拜随英亲王阿济格征讨退守陕西的李自成大顺军，立有大功。顺治二年月，阿济格因为没有及时奉旨班师，而且谎报战功，受到处罚。阿济格是顺治帝的叔父，为人粗暴，藐视小皇帝，私下呼为“孺子”。清廷谕令正黄旗固山额真谭泰会同护军统领鳌拜召集部众，将阿济格“称上为孺子”之语传示晓谕。谭泰顾及英亲王情面，没有照办。鳌拜也因听从了谭泰之言未奉行谕旨，结果不仅征讨李自成的军功不准议叙，还被罚银两。后来谭泰又与索尼相仇，互相攻击，鳌拜因庇护索尼再次获罪，几被革职。

第二次发生在